Además de la quena estándar, existen otras, afinadas en tonalidades distintas. Las más graves y las más agudas son conocidas como quenachos y quenalis (o quenillas) respectivamente.
Por razones prácticas, hemos de considerar las quenas, quenachos y quenalis afinados en otros tonos como instrumentos transpositores en relación a la quena en Sol M/la m. Es decir: cuando los utilicemos, la digitación y la lectura no cambiarán en absoluto; lo que se modificará, será el tono en que sonará el instrumento, que no se corresponderá con la notación escrita. Así, estos instrumentos nos ayudarán a leer y a tocar en tonalidades que resultarían sumamente engorrosas para la quena corriente. Sería considerablemente difícil, por ejemplo, ejecutar con la quena estándar una melodía compleja en do# menor; pero si utilizáramos una quena afinada un tono más agudo y tocásemos esa misma melodía leyéndola en la tonalidad de si menor, la tarea se simplificaría muchísimo.